<불교닷컴>은 이와 관련 동국대학교는 소장에서 ‘불교닷컴은 동국대를 비방할 목적으로 적법하게 선출된 이사장을 두고 권한 없는 자에 이사장 업무가 수행되고 있다거나, 위법행위를 저지르고 있다는 허위사실을 적시한 기사를 게재했다.’, ‘동국대가 위법‧부당하게 운영되고 있다는 인상을 주어 동국대의 명예를 훼손했다’는 이유를 들어 1억원을 지급하라는 손해배상 소송이 제기됐다고 보도했다.

<불교닷컴>은 동국대의 청구이유에 대해 “<불교닷컴>의 기사들은 각 기사에 거론된 동국대 이사들의 명예를 훼손하는 행위에 해당할 뿐만 아니라 각 기사의 내용이 이사들의 업무에 관련한 것으로 동국대에 대한 사회적 평가를 저하시키기에 족하다.”, “동국대와, 동국대 임원에 대한 명예를 훼손한 것”이라고 설명했다.

한편 동국대학교는 지난 4월 언론중재위에 제소했지만 중재가 결렬되면서 이번에 민사소송을 제기했다.

당시 언중위 제소에서 동국대학교 일면 이사장은 “<불교닷컴>이 ‘이사장 직무대행’ 등 사실이 아니거나 사실이 확인되지 않은 사안들에 대해 보도했다”며 19건의 기사에 대해 정정보도 및 기사1건당 1000만 원, 총 1억9,000만 원의 손해배상을 요구했었다.