조계종 총무원은 그 이유와 관련 "주지하듯이 종단에서는 조계종과 선학원은 그 출발이 한 뿌리였기에 이를 기본으로 하여, 그동안 법인등록과 관련한 논의를 지속해왔다."면서, "최근 중앙종회에서 제정된 <법인관리 및 지원에 관한 법>에서 선학원 법인 이사 자격 기준을 크게 완화하고, 분원장에 대한 임명 절차 등 그동안 선학원이 주장해온 입장을 받아들인 것도 이러한 근본 정신에 바탕한 것이다. 그리고 이는 종정 예하를 비롯하여 종도들이 공통적으로 바라는 것이기도 하다."고 설명했다.

조계종 총무원은 이어 "선학원 이사회는 임원들의 제적원 제출을 통해 이러한 종정 예하와 종도들의 기대와 바람을 저버렸다."면서, "더구나 제적원에 '조계종 종헌・종법에 동의할 수 없음'이라고 밝혀, 대체입법을 제정하면서까지 협의를 통해 문제를 해결하려는 종단의 선의를 일방적으로 외면해 버렸다."며 강한 유감을 표했다.

조계종 총무원은 계속해서 "종단은 선학원 이사 11인과 감사 2인의 제적원 제출이 선학원에 소속된 전체 스님들의 뜻이라고 생각하지 않는다. 오히려 선대의 스님들께서 선양해 오신 선학원 설립정신을 현재의 임원진 스님들이 사익을 위해 선학원을 사유화하려는 의도로 판단할 수밖에 없다."며 비판을 이어갔다.

조계종 총무원은 마지막으로 "종단에서는 선학원 임원들에 대해 종헌・종법에서 정하고 있는 소정의 절차를 진행할 것"이라면서, "선학원과 연관된 스님들께서는 조계종 승려라는 종도로서의 가장 기본적인 정체성을 훼손하지 않도록 각별히 유념해주시기 바란다."고 덧붙였다.