한국교회 주요 단체들은 한·일 외교장관의 위안부 협상이 최종 타결된 데 대해 긍정적으로 평가하면서 진정성 있는 반성과 실천을 촉구한 반면 기독여성 단체들은 ‘외교적 담합’이라고 비난했다.
 
한국기독교총연합회(대표회장 이영훈 목사)는 29일 “한·일관계의 최대 난제였던 위안부 문제에 대해 양국이 합의한 것을 높이 평가한다”면서 “위안부 피해자 문제에 있어 일본 정부가 책임을 통감한 것과 군의 관여를 인정한 것은 외교적 성과”라고 밝혔다.

이어 “세부적 내용에서 아쉬운 부분이 없지는 않겠지만 답보상태를 거듭해 온 위안부 피해자 문제를 풀어갈 단초가 마련됐다는 점에서 진일보한 결과”라며 “한·일 양국은 진심어린 마음으로 피해 할머니들에게 다가가기를 바라고, 합의문서가 문제의 종결이 아니라 사죄하고 위로하는 시작점이라는 것을 분명히 기억해야 한다”고 강조했다.
 
한국교회연합(대표회장 조일래 목사)도 “이번 합의는 그동안 아베 정권이 보여준 태도에 견주어 볼 때 진일보한 것으로 평가한다”며 “앞으로 한·일 양국이 불행했던 과거사를 매듭짓고 미래로 나아가기 바란다”고 밝혔다. 한교연은 “그러나 과거사를 왜곡해 왔던 일본의 행태로 볼 때 이번 합의가 얼마나 지켜질지 더 지켜봐야 한다”며 신중한 입장을 보였다.

한교연은 “일본정부 차원의 사과 표명이 있었다 해도 피해 당사자인 위안부 할머니들의 가슴에 맺힌 응어리가 풀리지 않는 한 합의문서는 한낱 종이조각에 불과하다”면서 “향후 독도 영유권 주장과 역사교과서 왜곡 문제에서도 일본이 진심으로 반성하는 태도를 보여줄 것을 촉구한다”고 강조했다.
 
한국장로교총연합회(대표회장 백남선 목사)도 “일본 위안부문제 해결을 위한 한·일 외교장관회담이 타결된 것은 진일보한 결과”라면서 “진정성을 가지고 실천하는 것이 피해를 입은 당사자들과 대한민국 국민들의 마음을 달랠 수 있는 길”이라고 지적했다.
 
한국기독교교회협의회(NCCK) 여성위원회와 한국교회여성연합회, 한국여신학자협의회, 기독교대한감리회 여선교회전국연합회, 대한예수교장로회 통합 전국여교역자연합회, 한국기독교장로회 여교역자협의회 등 교계 여성단체들은 한국정신대문제대책협의회와 함께 성명을 내고 이번 합의가 “일본군 ‘위안부’ 문제에 대한 피해자와 국민의 바람을 철저히 배신한 외교적 담합”이라고 비판했다.
 
이들은 일본 정부가 위안부 범죄의 주체라는 사실과 범죄의 불법성이 명시되지 않은 것을 문제점으로 지적했다. 아베 신조 일본 총리의 사과도 진정성이 담긴 사과로 보기 어렵다고 밝혔다.

한편 대한불교조계종의 진보적 승려모임인 실천불교전국승가회는 성명을 내고 "합의안이 위안부 피해자의 명예와 인권을 회복하는 데 매우 미흡하다"며 전면 재검토를 요구했다.